A coleção de Farmácia reúne diversos objetos e instrumentos ligados à preparação, conservação e administração de medicamentos nas Casas de Saúde da Ordem Hospitaleira de São João de Deus. Esta coleção permite acompanhar a evolução dos tratamentos e o papel essencial da farmácia na qualidade e segurança dos cuidados prestados.
Um momento decisivo na história da psiquiatria foi o aparecimento dos primeiros psicofármacos na década de 1950, que representaram uma autêntica revolução terapêutica, na área da saúde mental, contribuindo para uma maior estabilidade clínica, redução de internamentos prolongados e melhoria significativa do bem‑estar e da autonomia dos utentes.