O Museu São João de Deus tem como missão estudar, preservar e divulgar o património histórico, artístico, científico e espiritual ligado à Ordem Hospitaleira de São João de Deus, tornando‑o acessível a diferentes públicos e promovendo uma leitura integrada entre memória, cultura, saúde e a missão cristã de Hospitalidade.

O Museu procura valorizar um legado que ajuda a compreender a história da assistência, a evolução dos cuidados em saúde e a centralidade da pessoa na prática hospitaleira.

A partir desse património, afirma‑se também como espaço de conhecimento, sensibilização e reflexão, aberto à comunidade e atento a temas que continuam a ser socialmente relevantes, como a saúde mental, a inclusão socio‑cultural e a dignidade humana. Neste contexto, o Museu assume como objetivos:

Preservar e divulgar a memória histórico-religiosa da Ordem Hospitaleira de São João de Deus, bem como a sua missão de Hospitalidade ao serviço da pessoa doente, vulnerável e em situação de sofrimento; 

Conservar, valorizar e dar a conhecer o património artístico, científico e documental dos estabelecimentos de saúde da Província Portuguesa, em Portugal e na Missão de Timor-Leste;

Promover o conhecimento sobre a evolução histórica da assistência em saúde, com particular atenção às áreas da psiquiatria, da medicina e da enfermagem;

Evidenciar o valor da cultura artística e literária em contexto terapêutico, enquanto expressão de humanidade, de criatividade e de reabilitação socio-cultural;

Contribuir para a inclusão da doença mental, incentivando uma maior compreensão social e comunitária, valorizando o papel das famílias e da sociedade na Reabilitação Psicossocial;

Reforçar a ligação entre património, missão e comunidade, afirmando o Museu como lugar de encontro entre memória, cultura e Hospitalidade.