As exposições temporárias permitem aprofundar temas, valorizar coleções, criar novos diálogos com o património, estabelecer novos contactos institucionais e alargar a experiência de visita a diferentes públicos. Ao longo dos anos, o Museu tem vindo a conceber e organizar exposições temporárias que se iniciam no próprio Museu, tornando‑se posteriormente itinerantes em outros espaços culturais no país, mas também tem acolhido exposições de outras instituições culturais e académicas.

Já foram realizadas exposições sobre temáticas de âmbito histórico‑científico, como a Vida e Obra de São João de Deus; a história do cuidar e da assistência na saúde da Ordem Hospitaleira ao longo de 400 anos; a missão hospitaleira em diferentes geografias ou a história de determinados tratamentos médicos, como a alcoologia; mas também exposições ligadas à inclusão e reabilitação sociocultural dos Utentes, nas áreas da arte e da literatura.

Cada uma destas propostas contribuiu para afirmar o Museu como espaço de memória, interpretação e diálogo.

Nesta página poderão ser conhecidas as exposições temporárias já realizadas e, futuramente, outras iniciativas expositivas que venham a integrar a programação do Museu.